По мере того, как все больше пациентов с раком получают геномный профиль своих опухолей и все больше методов лечения, нацеленных на геномные изменения, проходят клинические испытания, задача подключения пациентов к испытаниям, для которых они подходят, может быть особенно сложной. Компьютерная платформа, разработанная в Институте рака Дана-Фарбер, упрощает и ускоряет процесс сопоставления, сообщают ее разработчики в новом исследовании.

Платформа под названием MatchMiner помогает клиницистам и клиническим исследователям находить потенциальные совпадения между пациентами и целевыми терапевтическими испытаниями, основанными на генетических изменениях в опухолях пациентов. В течение пятилетнего периода в Dana-Farber это помогло примерно каждому пятому согласиться на участие в испытаниях прецизионной медицины среди пациентов с геномными данными в MatchMiner. Это также ускорило процесс включения пациентов в такие испытания более чем на 20%, обнаружили авторы исследования, опубликованного в npj Precision Oncology .

«Профилирование опухолей пациентов на наличие геномных изменений стало широко распространенной частью лечения рака, особенно по мере того, как новые лекарства, нацеленные на эти изменения, проходят клинические испытания или утверждаются в качестве противоопухолевых препаратов», — говорит Тали Мазор, доктор философии, соавтор статьи с Коллега Даны-Фарбер Гарри Кляйн, доктор философии. «Сочетание этого растущего объема геномных данных и растущего числа испытаний прецизионной медицины создало своего рода разрыв: поиск подходящего испытания для каждого пациента может быть сложной задачей. MatchMiner помогает преодолеть этот разрыв».

Платформа, разработанная Группой систем знаний в Dana-Farber под руководством Этана Серами, доктора философии, и Майкла Хассетта, доктора медицины, магистра здравоохранения, основана на обширных программах Dana-Farber в области геномного анализа и клинических исследований. За последнее десятилетие более 40 000 пациентов в Институте проанализировали опухолевые ткани на наличие изменений в более чем 400 генах, связанных с раком. Институт и его партнеры проводят или участвуют в тысячах клинических испытаний, в том числе около 450 с использованием таргетной терапии с 2017 года. MatchMiner, запущенный в 2016 году, связывает эти системы, чтобы помочь подобрать пациентов для соответствующих испытаний.

«MatchMiner может использоваться онкологом или другим клиницистом для поиска вариантов испытаний для отдельного пациента», — отмечает Клейн. «Или это может быть использовано исследовательской группой для выявления потенциальных участников испытания путем настройки геномного фильтра, который отбирает кандидатов по определенным геномным критериям».

В отличие от большинства других платформ сопоставления, которые предназначены для использования в одном онкологическом центре, MatchMiner имеет открытый исходный код и может быть адаптирован другими учреждениями. Когда в Dana-Farber открываются новые испытания, куратор просматривает их, чтобы определить, следует ли их включать в MatchMiner, чтобы обеспечить актуальность платформы. По состоянию на март 2021 года в MatchMiner интегрировано 354 испытания прецизионной медицины.

В новой статье исследователи проанализировали данные о регистрации для испытаний прецизионной медицины в Dana-Farber, чтобы определить, ускорил ли MatchMiner процесс поиска подходящего испытания для пациентов, чьи опухоли были геномно профилированы. Исследователи обнаружили 166 случаев, когда платформа выявляла потенциальное совпадение между пациентом и исследованием, а исследовательская группа или онколог пациента просматривали совпадение, что приводило к согласию пациента на участие в исследовании.

Чтобы дополнительно оценить влияние платформы, исследователи сравнили «время до согласия» — время между генетическим профилированием опухоли и согласием пациента на участие в исследовании — для 166 согласий, полученных с помощью MatchMiner, и для 353 согласий. получается без платформы. «Мы обнаружили, что время получения согласия для группы MatchMiner было на 55 дней меньше, чем для группы без MatchMiner, что на 22% больше», — говорит Кляйн.

MatchMiner связывает пациентов с исследованиями не только по молекулярным характеристикам опухоли пациента, но также по возрасту пациента и типу опухоли. Другие критерии исследования, такие как стадия опухоли, предыдущее лечение и общее состояние здоровья пациента, не учитываются при сопоставлении пациента и исследования. В результате сопоставления, предложенные MatchMiner, являются предварительными, и за ними необходимо следить, чтобы пациенты соответствовали всем критериям исследования, говорят исследователи.

«MatchMiner обеспечивает отправную точку для поиска подходящих испытаний для пациентов, у которых опухоли имеют определенные генетические изменения», — говорит Мазор. Она добавляет, что разработчики платформы будут работать над расширением ее возможностей, чтобы обеспечить более полное соответствие. В сотрудничестве с Кеннетом Келем, доктором медицины и магистром здравоохранения, MatchMiner тестирует прогнозы на основе ИИ, чтобы лучше выявлять пациентов, которым вскоре может понадобиться новый терапевтический вариант, например, клиническое испытание.

MatchMiner доступен для использования в других организациях.